Los Grupos de Trabajo de APEBEJA tienen por finalidad promover actividades en bienestar de la comunidad peruana focalizándose en temas especializados. Los grupos de Trabajo también incluyen a aquellos que pertenecen a la Federación Latinoamericana y del Caribe de Asociaciones de Ex Becarios del Japón (FELACBEJA) y en los cuales APEBEJA participa. Si desea participar en alguno de los grupos enviar un correo a contacto@apebeja.org